Als in 2001 Boele zich terugtrekt uit het bedrijf, heeft er wederom een verandering plaats. JANNIE neemt nu de plaats van haar vader in, samen met haar echtgenoot word het bedrijf nu voort gezet onder de benaming: “Jachtwerf Van der Werff “ met als bedrijfsomschrijving:”Winterberging voor schepen, jachthaven, camping voor stacaravans, verhuur van kruisers”. Wat ontbreekt is hierbij het onderdeel reparatie of restauratie, een tak van het bedrijf waaraan in de afgelopen jaren maar ook de jaren daarna bijzondere veel werk aan is besteed, met prachtige resultaten.

Restauratie van de 7 mtr. lange autoboot de “Elizabeth D” in 1999, welke ooit in de jaren dertig door de firma Van der Werff is gebouwd. Een geklonken ijzeren onderbouw met een opbouw welke vrijwel geheel in mahoniehout is uitgevoerd. In de romp moesten nieuwe plaatdelen worden ingeklonken zodat het oude ambacht en gereedschap nog steeds worden gebruikt.

               De restauratie van de “Si-ja”in 2002 is al eerder genoemd   .

In 2003 werd aan de restauratie begonnen van een gezonken bakdekker uit 1929 de “Maria” met een lengte van 14 mtr.en 2,5 mtr. breed. Nadat het casco, de motor en alle verdere technische voorzieningen waren aangebracht, is dit schip verder afgebouwd door de eigenaar J. Spoelstra uit Opeinde, die een zwager van de werf eigenaren is.

Een heel bijzondere opdracht was het restaureren in 2004 van de vroegere reddingsboot

“Jhr.Mr. J.W.H.Rutgers van Rozenburg” gebouwd in 1907 lang 11,5 mtr. breed 2,8 mtr. diepgang 0,75 mtr. Als extra kracht bij het repareren van het houtwerk , werd de hulp ingehuurd van Roelof Jans v/d Werff ook een telg uit dit bekende scheepsbouwers geslacht